各代在经济上更加依赖江南。长江干支流堤防逐渐完成，上起荆江下至江苏都有了系统的堤防，汉江、湘江、赣江等堤防也普遍兴修。荆江分流穴口多被堵塞，近代仅有四口分流入洞庭湖。汉江下游及荆江段常有水灾，堵口、修堤的记载增多。下游苏（州）、松（江）、嘉（兴）的排涝，练湖、吴淞江以及其他泖浦的疏浚，更不下几千次。上游以元代修建的云南滇池水系的松华坝和海口工程最为突出。都江堰也不断改建增修。
京杭运河于元代修成后，明清时已整修成为南北运输的重要干道。漕粮负担最重的是太湖流域。江浙海塘，自宋代以来不断修筑，发展到清代，海宁老盐仓出现了鱼鳞大石塘。19世纪后期传入西方水利科学技术，有关研究长江水利的专著增多。长江的治理以疏浚航道为主，畸形发展，堤防残缺不全，中下游水灾也愈演愈烈，以1931年和1935年最为严重。
