长江流域治理开发由单目标的治理到多目标的综合利用进入了高速发展时期，可以分为4个阶段。
1. 恢复发展阶段
中华人民共和国成立初，长江流域相继遭受了1949年大水，1952年、1953年连续干旱，以及1954年特大洪水。长江流域各省大力恢复整修和加高加固全江堤防，使长江中下游干支流河道堤防高程达到当地1949年或1931年实测最高洪水位超高1米的标准；恢复整修和重点兴办小型排灌工程，仅四川、湖北、湖南三省修建塘堰等小型水利设施300多万处。同时，开始兴建大型水利枢纽。以灌溉为主要任务的有1954年兴建的湖北钟祥石门水库，1956年兴建的湖北随州黑屋湾水库；以发电为主要任务的有1954年兴建的四川龙溪河梯级的狮子滩水电站，1955年兴建的江西上犹江水电站。
1950年成立长江水利委员会，设立各省（自治区、直辖市）水利水电厅（局）。长江水利委员会成立后，随即组建水文、勘测、设计、科研机构，开展基本资料的搜集，进行治江方案的研究，并提出以防洪为主的治江战略计划。1950年兴建大通湖蓄洪垦殖区，1952年兴建荆江分洪工程，1956年兴建汉江杜家台分洪工程，对干支流堤防也进行了部分加固。1953年长江水利委员会成立长江汉江流域轮廓规划委员会，进行长江中游防洪排渍规划、汉江流域规划；同时进行三峡工程和南水北调工程的研究。1955年，开始编制长江流域规划。50年代初即开始了长江河道整治工作。
2. 1958～1976年曲折发展阶段
1958年中央政治局会议通过了《中共中央关于三峡水利枢纽和长江流域规划的意见》，确定了长江流域规划的指导方针和工作原则。1959年编制提出的《长江流域综合利用规划要点报告》，明确了三峡水利枢纽是治理开发长江的关键工程。这一阶段长江流域开工兴建了大量的水利水电工程，包括大、中、小型水库4万余座。其中大型水库106座。这些大型水利枢纽大都具有防洪、灌溉、发电等综合利用效益。还大规模兴建了防洪排涝工程、灌溉工程，进行了长江中下游护岸崩岸治理，实施了下荆江裁弯，提高了航运效益。丹江口水利枢纽是汉江流域规划和南水北调中线方案的关键性工程，于1958年动工兴建，1973年建成；葛洲坝水利枢纽1970年开工兴建，1988年竣工。
3. 1977～1997年改革发展阶段
这一阶段的初期，长江水利建设的重点，从大规模兴建工程为主，转向以巩固提高已有工程的效益为主；重点建设已有防洪工程的薄弱环节和在建工程的配套设施。以荆江大堤、同马大堤、无为大堤等堤防为重点进行加高加固建设。与此同时，加强了洞庭湖区、鄱阳湖区及两大湖区水系的治理。赣江、滁河、巢湖等原来洪灾较严重的地区，也进行了大规模防洪建设，提高了防洪标准。1990年长江水利委员会修订提出《长江流域综合利用规划简要报告》，成为长江流域综合开发、利用、保护水资源和防治水害活动的基本依据。这一阶段，长江上游相继兴建了龚嘴、宝珠寺、白龙江、乌江渡、二滩等大型水电站，对长江上游地区提供了清洁廉价的电能。长江三峡工程可行性论证于1992年完成，并于1994年冬正式开工建设。
按照"蓄泄兼筹，以泄为主"的防洪方针，长江中下游3600千米干堤全面加高加固，可基本达到防御1954年实际洪水位的标准；配合湖泊洼地分蓄洪，基本可防御1954年型洪水。1998年长江流域大水后，全面进行长江干堤及主要支流堤防的加高加固。
4. 1998年后的深入推进阶段
1998年长江流域性特大洪水后，国家作出灾后重建、整治江湖、兴修水利的重大战略部署，大幅度增加了长江水利投入。同时，面对日益严峻的水资源短缺和生态环境恶化形势，还提出不断丰富完善可持续发展治水思路，推动传统水利向现代水利、可持续发展水利转变。长江水利委员会根据以防洪为中心的主要任务基本付诸实施，统筹保护与开发，协调生态与发展，加快防洪保安、水资源综合利用、水生态环境保护、水资源管理四大体系建设。长江水利基础设施建设大规模展开，长江重要堤防全线达标，三峡工程整体竣工验收，南水北调东、中线等重大水利工程进展顺利，长江水生态环境建设加快推进，流域水行政管理不断加强，治江事业进入加快发展、深入推进的阶段。截至2014年，累计治理水土流失面积6579万公顷；堤防总长7.33万千米；干流水系航道通航里程（宜宾-长江口）2813千米；长江航道经整治险滩，炸除礁石，提高了航道等级。
